希腊得以占据爱琴海大部分岛屿，就源于自古以来。

在古希腊很早就有一系列城邦国家。希腊的海洋地貌可以用海岸线支离破碎、海上岛屿众多来形容。希腊的陆地贫瘠，难以发展农业，因此早期希腊人就搞起了海上商业贸易，并沿地中海沿岸建立不少殖民地。在小亚细亚西海岸也建立了不少殖民据点。图一反映的是大约公元前几世纪希腊城邦与在小亚细亚的殖民据点的情况。

后来希腊先后被马其顿王国、罗马帝国、拜占庭帝国、奥斯曼帝国侵占。希腊独立后，奥斯曼帝国被不断瓦解，在最后剩余的地方建立了土耳其。按照第一次巴尔干战争后签订的《伦敦条约》，整个小亚细亚的西海岸应该都是希腊领土。希腊仅仅收复了岛屿，没有根据条约得到小亚细亚西海岸地区。希腊根据自古以来把领海线划到土耳其岸边，土耳其空临爱琴海却没有岛屿和出海口。

在土耳其国父凯末尔的争取下，争取到沿海不超过3海里的海岛归属土耳其，这就是图二反映的今天的希腊与土耳其的海洋边界。自此，爱琴海大部分和主要岛屿都归属希腊。

当然，希腊能有今天的领土规模并不完全靠自己，也是在英法俄等国家不断支持下，陆续获得周边的领土，包括保加利亚、奥斯曼帝国、英国的殖民地以及意大利的一部分领土。这个过程是经历了一系列战争和条约确定下来的。相较于古希腊，现代希腊失去了小亚细亚上的领土和后来曾经得到的东色雷斯地区，这些地区最后都被土耳其所有。

图三就是反映的就是现代希腊国土的变迁。

对于希腊与土耳其的领海划分，土耳其是打内心里不满意的。1947年签订的《巴黎和约》将被意大利占据的原奥斯曼帝国的十二群岛全部移交给希腊，只要求这些岛屿保持“非军事化”。而土耳其为此非常不满，一直要求希腊将这些岛屿交给土耳其，当然这是徒劳的。

图四就反映了土耳其希望得到的十二群岛中的梅斯岛等岛屿的地理位置。

希腊与土耳其多次因为领海争端处于战争边缘。当然两国都是北约成员国，在美国与北约的调解下，希腊和土耳其还能保持表面上的和平。

在新时代里，希腊与土耳其仍然有严重的领海之争。

目前希腊采用6海里领海权，而土耳其则是3海里领海权，按此标准，希腊领海、土耳其领海和公海占爱琴海的比例分别约为44%、7%和49%。

1982年12月，在牙买加蒙特哥湾召开的第三次联合国海洋法会议通过了《联合国海洋法公约》，规定一国的领海范围最高可达12海里，希腊据此准备将领海扩张到12海里，但土耳其强烈反对。

一旦希腊领海扩张到12海里，爱琴海的公海占比就会骤降到19%，而伊斯坦布尔也将失去进出地中海的公海通道。这也引起俄罗斯等黑海沿岸国家的密切关注。

今土耳其海峡通行规则源于1936年《蒙特勒公约》。规定无论平时或战时，所有国家商船均可在土耳其海峡自由航行，但军舰通过时要受到最大吨位、数量和申请期限的制约，而且黑海沿岸国家和非黑海沿岸国家的待遇不一样。非黑海沿岸国家的军舰通行时单艘最大吨位不得超过1.5万吨，总吨位不得超过3万吨，总数不得超过9艘。

由于希腊单方面改变领海范围会造成区域局势紧张，国际上许多人主张希腊本土和爱琴海西部岛屿适用12海里领海原则，而爱琴海东部岛屿的领海范围则限定在6海里以内。目前争议还在继续。

而土耳其则利用《巴黎合约》只确定了爱琴海岛屿的归属，没有对岩礁的归属进行划分的漏洞，不断在爱琴海中制造争端。

希腊与土耳其在爱琴海的领土纠纷，使希腊更能理解中国的南海争端，在南海仲裁案被西方媒体炒的之时，希腊就曾反对欧盟发表指责中国的声明，其国内的主要政党也明确表示，“相关主权国家应该在尊重历史事实和遵守国际法的基础上继续进行磋商。”